современной вечной мерзлоты, попавшим в окаменевшую позже смолу древних растений (янтарь) или в
другую естественную смолу — асфальт.
Изучением ископаемых останков занимается палеонтология. Как правило, осадочные породы залегают
слоями, поэтому более глубокие слои содержат окаменелости из более раннего периода (принцип
суперпозиции). А значит, сравнивая ископаемые формы из последовательных напластований, можно делать
выводы об основных направлениях эволюции живых организмов. Для оценки возраста окаменелостей
используются многочисленные методы геохронологии.
При взгляде на палеонтологическую летопись можно сделать вывод, что жизнь на Земле существенно
менялась. Чем глубже в прошлое мы смотрим, тем меньше видим общего с современной биосферой.
Первые прокариоты (простейшие одноклеточные, не обладающие оформленным клеточным ядром)
появляются приблизительно 3,5 млрд лет назад. Первые одноклеточные эукариоты появляются 2,7—1,75
млрд лет назад. Примерно через миллиард лет, 840 млн лет назад, в палеонтологической летописи
появляются первые многоклеточные животные, представители хайнаньской фауны. Согласно
опубликованному в 2009 году исследованию, вероятно, более 635 млн лет назад уже существовали
многоклеточные, относящиеся к одному из современных типов — губки[54]. В период «кембрийского
взрыва», 540—530 млн лет назад, за геологически короткий промежуток времени, в геологической летописи
появляются остатки представителей большинства современных типов, имеющих скелеты, а ещё через 15
млн лет — первые примитивные позвоночные, похожие на современных миног[55]. Челюстноротые рыбы
появляются 410 млн лет назад, насекомые — 400 млн лет назад, и ещё 100 млн лет на суше господствуют
папоротниковидные, а основными группами наземной фауны остаются насекомые и земноводные. С 250 по
65 млн лет назад на Земле господствующее положение «верховных хищников» и крупных травоядных
занимали динозавры и другие пресмыкающиеся, самыми распространёнными растениями были саговники и
другие группы голосеменных. Первые ископаемые остатки цветковых появляются 140—130 млн лет назад, а
начало их широкого распространения относится к середине мелового периода (около 100 млн лет назад).
Наблюдаемая картина соответствует происхождению всех видов от одноклеточных организмов и не имеет
других научных объяснений[56].
Известное доказательство эволюции — наличие так называемых промежуточных форм, то есть организмов,
сочетающих в себе характерные признаки разных видов.[~ 1] Как правило, говоря о промежуточных (или
«переходных») формах имеют ввиду ископаемые виды, хотя промежуточные виды не всегда вымирают. На
основе филогенетического дерева теория эволюции предсказывает, какие промежуточные формы могут
быть найдены, а какие — нет. В соответствии с научным методом, сбывшиеся предсказания подтверждают
теорию. Например, зная строение организмов пресмыкающихся и птиц, можно предсказать некоторые
особенности переходной формы между ними. Можно прогнозировать возможность найти остатки
животных, подобных рептилиям, но с перьями, или останки животных, подобных птицам, но с зубами или с
длинными хвостами со скелетом из несросшихся позвонков. При этом можно предсказать, что не будут
найдены переходные формы между птицами и млекопитающими, например — ископаемые
млекопитающие с перьями или подобные птицам ископаемые с костями среднего уха как у
млекопитающих[57].
Вскоре после публикации «Происхождения видов» были обнаружены останки археоптерикса —
промежуточной формы между рептилиями и птицами. Для археоптерикса характерно дифференцированное
оперение (типичная птичья черта), а по строению скелета он слабо отличался от динозавров из группы
компсогнатов. У него были когти на передних конечностях, зубы и длинный хвост со скелетом из
несросшихся позвонков, а предполагаемые уникальные «птичьи» особенности скелета позднее были
выявлены у других рептилий. Позднее были найдены и другие переходные формы между рептилиями и
птицами[58].