Сиволоб А.В. Молекулярна біологія. Підручник

Подождите немного. Документ загружается.

Розділ 6. Транскрипція: Еукаріоти

183

• За рахунок упізнання метильованих Lys хромодоменом, який

входить до складу КР родини CHD. Комплекси цієї родини мі-

стять також структурні модулі, здатні впізнавати метильова-

ні цитозини (5mC) у ДНК.

Таким чином, комплекси ремоделювання хроматину інкорпоровані

в загальну систему регуляції транскрипції. Вони працюють у тісній

кооперації з транскрипційними факторами та системою посттранс-

ляційних модифікацій гістонів.

Роль білків HMG в активації транскрипції

Назва HMG (див. також розділ 3) об'єднує три, структурно абсо-

лютно різні, родини білків. Але всі вони задіяні до системи регуля-

ції транскрипції в еукаріотів.

HMGA – невпорядковані поліпептиди, що містять у своєму складі

три так звані АТ-гаки – елементи амінокислотної послідовності, здатні

впізнавати короткі (чотири–п’ять пар основ), часто присутні в промо-

торах, АТ-збагачені ділянки ДНК (див. рис. 3.16, б). Невпорядковані

частини поліпептидного ланцюга, які з'єднують АТ-гаки, мають спо-

рідненість до певних транскрипційних факторів. Отже, зв'язування

HMGA може ініціювати збирання енхансосоми. Гени HMGA активу-

ються в результаті численних шляхів сигнальної трансдукції.

Один із прикладів участі HMGA в активації транскрипції наведено

на рис. 6.19. HMGA зв'язується в лінкері між двома позиційованими

нуклеосомами у промоторі β-інтерферонового гена. На цьому

“зародковому” елементі відбувається збирання енхансосоми, до скла-

ду якої рекрутується гістон-ацетилтрансферазний комплекс. Ацетил-

ьовані Lys упізнаються іншою НАТ, яка продовжує процес ацетил-

ювання, а також відбувається збирання преініціаторного комплексу –

включаючи РНК-полімеразу ІІ, але за винятком TFIID. Ацетильовані

Lys та інші компоненти енхансосоми рекрутують SWI/SNF, який змі-

нює позицію нуклеосоми ІІ (рис. 6.19), що закривала ТАТА-бокс. Унас-

лідок цього нарешті зв'язується TFIID, і запускається транскрипція.

Білки HMGA не обов'язково виступають активаторами транскрип-

ції – вони можуть також блокувати сайти зв'язування транскрипцій-

них факторів, сприяючи репресії певних промоторів.

HMGВ – невеликі глобулярні білки, що містять один (дріжджі, комахи,

рослини) або два (хребетні) HMG-бокси (див. рис. 3.17). У клітинних

ядрах ссавців HMGВ присутні у значній кількості – до 10–20 копій

на одну нуклеосому. Не дуже міцне (на невеликий проміжок часу)

Сиволоб А.В. Молекулярна біологія

184

зв'язування HMG-боксу з маленьким жолобком ДНК індукує значний

вигин на ~80° (див. розділ 3). Відповідно, білки HMGВ є загальними

лабілізаторами структури хроматину (їх називають також архітектур-

ними білками або хроматиновими шаперонами), що діють за принци-

пом “торкнувся й пішов”. Після зв'язування та дисоціації HMGВ може

нічого не відбутися. Але вигин, який індукується HMG-боксом може

або підвищити спорідненість транскрипційних факторів, або додат-

ково стабілізувати структуру енхансосоми (рис. 6.20). Далі HMGВ мо-

же або залишитись у складі енхансосоми, або дисоціювати, замінив-

шись на інші транскрипційні фактори.

Нуклеосома І Нуклеосома ІІ

HMGA

Енхансосо ма

HAT

TFIID

RNAPII

SWI/SNF

Рис. 6.19. Послідовність подій при активації

β-інтерферонового промотора

Крім того, білки HMGВ є конкурентами гістону Н1: зв'язування їх із

ДНК на вході до нуклеосоми полегшує тимчасову деконденсацію хро-

матинової фібрили. Завдяки зв'язуванню з ДНК на вході до нуклео-

соми HMGВ виступає також як кофактор комплексів ремоделювання

родини Swi/Snf: вигин, що індукується HMG-боксом, полегшує випет-

лювання ДНК на поверхні нуклеосоми, яке мігрує всередину нуклео-

сомної ДНК (рис. 6.21). Ремоделюванню за таким механізмом сприяє

не обов'язково білок HMGВ – HMG-бокси часто містяться також

у складі самих комплексів ремоделювання.

Розділ 6. Транскрипція: Еукаріоти

185

HMGB

Транскрипційні

фактори

Рис. 6.20. Залучення білків HMGВ до збирання енхансосоми

HMGB

SWI/SNF

нуклеосома

Рис. 6.21. Залучення білків HMGВ

до ремоделювання хроматину

HMGN – невпорядковані поліпептиди довжиною близько 100 аміно-

кислот. За рахунок позитивно зарядженої частини ланцюга взаємоді-

ють з ДНК всередині нуклеосоми. Негативно заряджена частина моле-

кули конкурує з ДНК за гістонові хвости. У результаті HMGN, який на-

копичується у транскрипційно активних ділянках, сприяє деконденса-

ції хроматинової фібрили. Взаємодія HMGN з нуклеосомою – слабка,

тобто він, як і HMGВ, лише на короткий час підвищує доступність ДНК

для інших елементів системи активації транскрипції.

Сиволоб А.В. Молекулярна біологія

186

Елонгація РНК-полімерази через хроматин

Описані вище зміни у структурі хроматину стосуються ініціації

транскрипції. На стадії елонгації нуклеосома також має створювати

суттєві перешкоди для проходження РНК-полімерази. При цьому

хроматин, навіть у межах активних генів, у цілому зберігає нуклео-

сомну структуру, хоча й спостерігається збіднення на гістон Н1.

В експериментах in vitro наявність нуклеосом у складі матриці зна-

чно гальмує транскрипцію. У той же час, швидкість транскрипції

in vivo практично така сама, як in vitro на вільній ДНК. Отже, ма-

ють існувати особливі механізми, котрі забезпечують “прозорість”

нуклеосом для РНК-полімерази у клітинному ядрі.

На модельній системі in vitro, що містила мономерну РНК-полі-

меразу бактеріофага SP6 і коротку (227 пар основ) ДНК-матрицю

з однією позиційованою нуклеосомою, було показано, що гістоновий

октамер переноситься як ціле на ділянку позаду полімерази

(рис. 6.22). При цьому октамер ніколи не втрачає повністю свого кон-

такту з ДНК: у процесі перенесення спостерігаються інтермедіати, які

нагадують проміжні структури з петлею ДНК на поверхні октамеру

при ремоделюванні нуклеосом (порівн. рис. 6.17 та 6.22).

За аналогічним механізмом із перенесенням октамеру здійснюється

проходження через нуклеосому еукаріотичної РНК-полімерази ІІІ.

Що стосується РНК-полімерази ІІ, її проходження через хроматин

супроводжується частковим руйнуванням нуклеосом попереду полі-

мерази та відновленням їх позаду:

• В ядрах клітин спостерігається досить швидкий, транскрип-

ційно-залежний обмін гістонів Н2А і Н2В між хроматином та

ядерним пулом гістонів.

• Нуклеосоми, які транскрибуються РНК-полімеразою ІІ, тимча-

сово збіднені на гістони Н2А і Н2В.

• Видалення димеру гістонів Н2А-Н2В РНК-полімеразою ІІ було

продемонстровано на модельній системі in vitro.

Узагалі, порівняно з РНК-полімеразами ІІІ і бактеріофага SP6, для

РНК-полімерази ІІ нуклеосома є значно вагомішою перешкодою.

Із цього випливають два наслідки. По-перше, нуклеосомний бар’єр мо-

же використовуватися для регуляції експресії генів шляхом зниження

швидкості елонгації за рахунок пауз у роботі полімерази на нуклеосо-

мах. По-друге, наявність нуклеосомного бар’єра зумовлює необхідність

спеціальних механізмів полегшення елонгації транскрипції.

Розділ 6. Транскрипція: Еукаріоти

187

Швидкість транскрипції всіх РНК-полімераз залежить від іонної си-

ли: в умовах низької іонної сили нуклеосома гальмує проходження

полімерази (SP6) або повністю зупиняє її (РНК-полімераза ІІ); підви-

щення іонної сили до рівня, трохи вищого за фізіологічний (напри-

клад, 300 ммоль/л), призводить до зростання швидкості транскрип-

ції. Зрозуміло, що підвищення іонної сили знижує спорідненість гісто-

нів до ДНК і тим самим певною мірою дестабілізує нуклеосому. Роль

трошки підвищеної, у порівнянні з фізіологічною, іонної сили можуть

відігравати in vivo фактори елонгації транскрипції, які працюють як

проміжні переносники гістонів (див. рис. 4.11).

Описано кілька факторів елонгації, що прискорюють роботу

РНК-полімерази ІІ:

•

Elongator – мультибілковий комплекс, одна із субодиниць

якого є гістон-ацетилтрансферазою. Комплекс взаємодіє

з РНК-полімеразою ІІ і здійснює ацетилювання гістонів під

час елонгації транскрипції.

•

FACT (FAcilitates Chromatin Transcription) – складається з двох

субодиниць, одна з яких є HMGB-подібним білком. FACT

має підвищену спорідненість до димерів гістонів Н2А -Н 2В –

виконує роль проміжного переносника димерів, забезпечуючи

їх видалення з нуклеосом попереду полімерази та повернення

до хроматину позаду.

•

Spt6 – проміжний акцептор зі спорідненістю до гістонів Н3-Н4.

У хроматині є також інші переносники гістонів. Крім того,

АТР-залежні комплекси ремоделювання хроматину виконують роль

факторів, що сприяють елонгації транскрипції.

Проходження РНК-полімерази (як і будь-якого іншого ферменту,

котрий здійснює транслокацію вздовж ДНК) за умов жорсткого за-

кріплення кінців матриці (основ хроматинової петлі) має створювати

позитивну надспіралізацію попереду та негативну – позаду полімера-

зного комплексу (див. рис. 3.24). Надспіралізація в процесі транскри-

пції виникає у зв’язку з тим, що обертальний рух РНК-полімеразного

комплексу навкруг подвійної спіралі значно загальмований унаслідок

масивності комплексу, у тому числі – присутності в його складі довго-

го ланцюга РНК, що синтезується. У результаті при трансляційному

русі полімерази ДНК змушена обертатися навкруг своєї осі, що при-

зводить до торсійного перекручування дуплекса попереду полімерази

і, відповідно, еквівалентного розкручування – позаду.

Позитивна надспіралізація дестабілізує ліву суперспіраль нуклео-

сомної ДНК попереду полімерази, що сприяє дії проміжних перенос-

Сиволоб А.В. Молекулярна біологія

188

ників гістонів. І навпаки – негативна надспіралізація позаду поліме-

рази сприяє ефективному відновленню нуклеосом.

Завдяки цим механізмам (які ще далеко не з'ясовані остаточно)

в еукаріотичних клітинах здійснюється ефективна елонгація транс-

крипції при збереженні нуклеосомної структури навіть у транскрип-

ційно-активних ділянках. Проте присутність нуклеосом залежить від

рівня транскрипційної активності – кількості РНК-полімераз, що од-

ночасно працюють на певному гені. Якщо ген є гіперактивним, ДНК

може бути недоступною для гістонових комплексів, які залишаються

на проміжних акцепторах (рис. 6.23).

Рис. 6.22. Проходження мономерної РНК-полімерази

бактеріофага SP6 через нуклеосому

нуклеосоми

Гістонові

комплекси

Проміжні

акцептори

RNAP

Рис. 6.23. Залежна від рівня активності транскрипції

структура хроматину в транскрипційно-активних ділянках

Розділ 6. Транскрипція: Еукаріоти

189

Конститутивна репресія транскрипції: гетерохроматин

Великий розмір еукаріотичного геному (майже половина якого

припадає на послідовності, що повторюються) вимагає існування си-

стем, які б визначали гарантовану інактивацію значної частини гене-

тичного матеріалу. При цьому інактивований стан як некодуючої

ДНК, так і значної частини генів у клітинах певного типу має відтво-

рюватись у дочірніх клітинах після мітозу.

Успадкування такої тканиноспецифічної системи репресії (при

збереженні повної генетичної програми даного організму) називають

епігенетичною спадковістю. В її основі лежить передача клітинам-

нащадкам не просто батьківської ДНК, а хроматину разом із певни-

ми хімічними маркерами (маються на увазі патерни посттрансля-

ційних модифікацій гістонів і метилювання ДНК). Такі маркери впі-

знаються відповідними білками, котрі вступають у різноманітні вза-

ємодії з репресорами та корепресорами транскрипції, ферментами,

що здійснюють посттрансляційні модифікації, і білками, які додат-

ково компактизують хроматинову фібрилу. Подібні системи в першу

чергу працюють у ділянках гетерохроматину – частини хроматину,

що зберігає високий ступінь компактності протягом інтерфази.

Прикладами конститутивного гетерохроматину (такого, що утворю-

ється в усіх клітинах) є теломерні та центромерні зони хромосом, од-

на з Х-хромосом самок ссавців. Інші гетерохроматинові зони є спе-

цифічними для клітин певного типу.

Деацетилювання гістонів

Якщо ацетилювання гістонів завжди корелює з підвищеною транс-

крипційною активністю, деацетилювання, яке здійснюється гістон-

деацетилазними комплексами (HD), завжди пов'язане з репресією.

Як і ацетилтрансферази, деацетилази постійно безадресно працюють

у хроматині, підтримуючи певний базовий баланс ацетилюван-

ня / деацетилювання гістонів. При активації певного промотора аце-

тилтрансферази здійснюють адресне гіперацетилювання, а після зни-

кнення активуючого сигналу HD повертають промотор до базового

неактивного стану. Деацетилази також можуть бути адресно рекру-

товані до промоторів репресорами транскрипції для підтримання га-

рантованого деацетильованого статусу.

Сиволоб А.В. Молекулярна біологія

190

Поряд із такою динамічною регуляцією активності, деацетилю -

вання гістонів завжди здійснюється в гетерохроматинових ділян-

ках. Прикладом, який демонструє визначальну роль деацетилю-

вання у підтриманні гетерохроматинового стану є теломери дріж-

джів (рис. 6.24).

Sir2

Sir3

Sir4

Rap1

Теломерні

повтори

Нуклеосоми

Рис. 6.24. Розповсюдження та самопідтримання

гетерохроматинового стану в теломерах дріжджів

Теломерні повтори на кінці хромосоми впізнаються ДНК-зв'язу-

вальним білком Rap1 (Repressor a

ctivator protein), який рекрутує білок

Sir4 (Silencing information regulator). Цей останній зв'язує ще два біл-

ки – Sir3 та Sir2, останній є гістон-деацетилазою. Sir2 здійснює деа-

цетилювання Lys16 гістону Н4. Цей деацетильований залишок упізна-

ється новим Sir3, утворюється новий Sir-комплекс, здійснюється деа-

цетилювання нової нуклеосоми – процес деацетилювання та збирання

Sir-комплексу розповсюджується вздовж фібрили. Розповсюдження

гетерохроматинової зони блокуються межею, фізична природа якої

є не зовсім зрозумілою.

За рахунок взаємодії між Sir-комплексами на кінцях хромосоми

утворюється компактна зіпер-подібна структура (рис. 6.24). Утворен-

ня подібних структур завдяки певним білкам є досить загальною

ознакою інших гетерохроматинових ділянок.

Розділ 6. Транскрипція: Еукаріоти

191

НР1-залежна система репресії

Білок НР1 (Heterochromatin Protein 1) містить два структурні доме-

ни: хромодомен (модуль, що впізнає метильовані лізинові залишки)

і так званий хромошедоу (chromoshadow) – домен, який має спорідне-

ність до певних специфічних HD і гістон-метилтрансферази (HMT),

а також здатен взаємодіяти з іншою молекулою НР1.

K14

Ac Ac

K14

HMT

Me-Lys9

нуклеосоми

HP1

Межа

ромодомен

ромошедоу

Рис. 6.25. Розповсюдження та самопідтримання

гетерохроматинового стану в центромерах. На вставках: стан модифікацій

двох ключових залишків у N-кінцевому хвості гістону Н3

Прикладом залучення НР1 до утворення гетерохроматину

є центромери хромосом (рис. 6.25). Деацетилювання Lys9 і Lys14

гістону Н3 сприяє зв'язуванню специфічної НМТ, яка здійснює ме-

тилювання Lys9 гістону Н3. Цей метильований Lys (Me-Lys9) упізна-

ється хромодоменом НР1. Завдяки хромошедоу-домену НР1 рекр у-

тує HD, яка підтримує деацетильований статус суміжних нуклеосом,

і ту саму НМТ, що здійснює метилювання Lys9 у складі суміжних ну-

клеосом: знов виникає лавиноподібний процес, що самопідтриму-

ється та розповсюджується на сусідні ділянки. Взаємодія між білка-

ми НР1 (деталі якої не з'ясовані) забезпечує додаткову компактиза-

цію фібрили. Природа обмежувача, який не дозволяє гетерохрома-

тину розповсюджуватися поза центромерну зону, не з'ясована, але

гранична ділянка містить свій специфічний маркер – метильований

Lys4 гістону Н3 (і деметильований Lys9).

Сиволоб А.В. Молекулярна біологія

192

При реплікації білки тимчасово знімаються з ДНК у точці реплікації

(розділ 9). Реплікація ДНК здійснюється нерівномірно – гетерохроматин

реплікується в останню чергу. За точкою реплікації гістони батьківсь-

кого хроматину (які несуть на собі гетерохроматинові маркери) повер-

таються на дочірні молекули ДНК разом із гістонами, синтезованими

de novo, НР1 також повертається на той самий локус, де він був присут-

ній, і відновлює патерни модифікацій гістонів і компактний (репресо-

ваний) стан гетерохроматинової ділянки, тобто, гетерохроматиновий

стан даного локусу відтворюється в дочірніх клітинах. При цьому НР1

має спорідненість до білків ламіни (розділ 4), що зумовлює розташу-

вання гетерохроматину в периферичних зонах клітинного ядра.

Н3 Me-Lys9

Н3/H4 Lys

НК 5mC

Рис. 6.26. Взаємний вплив деацетилювання гістонів,

метилювання Lys9 гістону Н3 і метилювання ДНК

у гетерохроматині

Подібна система репресії за участю НР1 широко використовується

в інших ділянках гетерохроматину, а також для гарантованого бло-

кування генів в еухроматинових зонах. Метилювання Lys9 гістону

Н3 та деацетильований стан лізинів гістонів Н3/Н4 є найхарактер-

нішою ознакою таких ділянок. Як описано вище, обидві модифікації

самопідримуються та підтримують одна одну через опосередковану

дію НР1. При цьому важливу роль у забезпеченні репресованого ста-

ну відіграє метилювання цитозинів ДНК – інша ковалентна модифі-

кація, яка також відновлюється при клітинному поділі й замикає

своєрідне “коло репресії” (рис. 6.26).