На проведених у 1986 р. виборах переміг Садик аль-Махді.
Але і під його керівництвом країні не вдалося подолати головних
проблем соціально-економічного характеру та припинити війну. На
тлі принизливих воєнних поразок у 1989 р. армія вчинила ще один
військовий переворот, у результаті чого до влади у Судані прийшли
ісламісти, очолювані генералом Омаром Хасаном аль-Баширом.
Створена військовими Революційна рада національного
порятунку заборонила всі політичні партії країни, крім Національного
ісламського фронту. Всіх критиків режиму ув'язнено. Судан
налагодив відносини із Лівією, Іраном та Іраком, а після приходу в
Кабулі до влади "Талібану", й Афганістаном. У 1993 р. відбулася
формальна передача влади військовими цивільному уряду, проте й
надалі визначальний вплив на внутрішню та зовнішню політику країни
продовжував справляти О.Х. аль-Башир та Національний ісламський
фронт.
Уряд ісламістів зробив спробу вирішити питання громадянської
війни силовими методами. Хартум уважав, що із падінням
прокомуністичного режиму М.Х. Маріама в Ефіопії, який надавав
сепаратистам військову та фінансову допомогу, повстанці півдня
країни будуть послаблені. Початкові успіхи урядових військ
змусили партизанів в 1993 р. сісти за стіл переговорів, але вже через
кілька місяців переговори було перервано, й війна продовжилася. У
1995 р. повстанці, об'єднавшись із опозиційними до ісламістів
силами на мусульманській півночі Судану, створили Національний
демократичний союз, що оголосив наміри боротися за встановлення
в країні світського політичного режиму. '
Громадянська війна в Судані стала одним із найкривавіпіих
конфліктів у історії XX ст. Лише за період 1983-2000 рр. у
результаті бойових дій загинуло майже 1,5 млн. осіб, переважна
більшість яких, втім, не була вбита в боях, а померла від голоду,