82 83
Как уже отмечалось, глобулярные белки могут быть по-разному пространс-
твенно организованы на уровне вторичной структуры. Так, миоглобин относится к
крайне высоко спирализованным белкам. В нем α-спиральные участки охватывают
~80 % полипептидной цепи, а остальная часть приходится на хаотичные участки, за
счет которых происходит сворачивание α-спирали в трехмерную структуру — гло-
булу. Необходимо отметить, что ни один из известных белков не имеет полностью
спирализованной цепи. Полипептидная цепь во многих случаях складывается в про-
странстве в несколько доменов (глобулярных структур, образованных участками
цепи, включающими несколько десятков аминокислотных остатков.
Цитохром с — фермент, участвующий в процессах тканевого дыхания, и фер-
мент — лизоцим, катализирующий расщепление полисахаридов клеточных стенок
бактерий, включают в своем составе только 40 % α-спиральных участков.
Фермент рибонуклеаза, гидролизующая связи между нуклеотидами РНК, содер-
жит мало α-спиральных участков и довольно много фрагментов β-складчатой струк-
туры в полипептидной цепи, однако на уровне третичной структуры представляет
собой глобулу.
Аналогично α-амилаза, выделенная из Aspergillus oryzae (рисунок 20 на цветной
вклейке), также включающая α-спиральные и β-складчатые участки, относится к гло-
булярным белкам.
Хотя как третичная, так и вторичная структура белка определяются набором и
расположением аминокислот в полипептидной цепи, следует отметить, что вторич-
ная структура есть следствие ближнего порядка, а именно взаимного расположения
соседних аминокислотных остатков, а третичная — обусловлена дальним порядком
и зависит от взаимного расположения аминокислот в далеко расположенных друг от
друга фрагментах полипептидной цепи. Образование участков полипептидной цепи,
а также направление и угол поворота цепи в этих изгибах обусловлены числом и по-
ложением определенных аминокислот, таких как пролин, оксипролин, треонин, се-
рин, которые способствуют образованию изгибов.
Петли плотно свернутой полипептидной цепи сохраняют характерное положе-
ние в пространстве также благодаря взаимодействию между R-группами соседних
петель.
Инвариантные аминокислотные остатки гомологичных белков, присутствующие
в определенных положениях полипептидных цепей независимо от вида организмов,
из которых выделен белок, очевидно, занимают наиболее важные в структурном от-
ношении места в полипептидной цепи.
Одни из инвариантных остатков встречаются вблизи изгибов цепи или в самих
изгибах, тогда как другие, например остатки цистеина, находятся в тех местах цепи,
где между близко расположенными петлями третичной структуры возникают ди-
сульфидные связи. Такое консервативное расположение в полипептидной цепи опре-
деленных по строению аминокислот является биологически оправданным.
Например, пролин, оксипролин, глицин получили название «антиспиральных»
аминокислот. Ряд аминокислот: аланин, лейцин, глутаминовая кислота, гистидин
способствуют сохранению спиральных структур в белке.
Метионин, валин, изолейцин, аспарагиновая кислота благоприятствуют образо-
ванию β-структур. Таким образом, зная первичную структуру белка, можно сделать
определенные предположения о его вторичной структуре, а также о способе укладки
полипептидной цепи в пространстве.
Ряд инвариантных аминокислотных остатков занимают строго определенное
положение в каталитических центрах ферментов или в местах связывания простети-
ческих групп, например — гем-группы, небелкового фрагмента цитохрома с.
Глобулярные белки — наиболее динамичные пространственные образования по
сравнению с фибриллярными. Хотя нативная (природная) третичная структура каж-
дого глобулярного белка отвечает минимуму свободной энергии и потому является
самой устойчивой конформацией, которую только может принять данная полипеп-
тидная цепь, третичную структуру глобулярных белков не следует считать абсолют-
но жесткой и неподвижной.
Полипептидный остов глобулярных белков характеризуется определен-ной
степенью гибкости, вследствие чего эти белки подвержены локальным внутренним
флуктуациям.
Многие глобулярные белки в норме претерпевают конформационные изменения
при выполнении ими биологических функций, в частности, при связывании субстра-
тов ферментами, это является частью их каталитического действия.
Процесс синтеза и формирования архитектуры белковой молекулы — строгий,
запрограммированный и очень быстрый процесс. Пространственная структура бел-
ковой молекулы формируется уже в процессе биосинтеза. Так, в клетке ε. сoli моле-
кула белка из 100 аминокислот синтезируется при 37 ˚С за 5 секунд и ее свертывание
идет по заранее заложенной программе очень оперативно уже в процессе биосинтеза,
а не методом проб и ошибок. Исследования последних лет показали, что в действи-
тельности пространственная структура полипептидной цепи значительно сложнее.
Единый архитектурный ансамбль белковой молекулы включает пространственно-
организованные сегменты-домены, выполняющие определенные функции. В боль-
ших глобулярных белках иногда содержатся неодинаковые структурные домены, вы-
полняющие разные функции. Домены формируются объединением и чередованием
α-спиралей и β-слоев, между которыми открываются более рыхлые структуры. Далее
домен — это компактная глобулярная структурная единица внутри полипептидной
цепи. Центральная часть доменной глобулы образована в основном гидрофильными
аминокислотными остатками.
Понятие домен — сравнительно новое в белковой химии. Домены — это как бы
отдельные внутримолекулярные белковые структуры, выполняющие важную биоло-
гическую роль.
Домены принимают участие в образовании комплекса между ферментом и суб-
стратом, в акте ферментативного катализа, во взаимодействии антиген — антитело,
в «узнавании» регуляторного белка рецепторными зонами клетки.
Открыто много белков (например, иммуноглобулины), состоящих из разных по
структуре и функциям элементов.
Например, молекула сывороточного альбумина состоит из трех доменов, каж-
дый из которых содержит 10 спиралей.
На рисунке 10 представлена структура глобулярного белка — лизоцима курино-
го яйца. В рамках данной структуры четко выделяется два домена, которые разделе-
ны штриховой линией (рисунок 23 на цветной вклейке).
7.2.3. Четвертичная структура белка
Крупные молекулы белка с молекулярной массой более 60000 обычно представ-
ляют собой агрегаты, которые состоят из нескольких полипептидных цепей со срав-
нительно небольшой молекулярной массой.
При этом каждая цепь, сохраняя характерную для нее первичную, вторичную и
третичную структуру, выступает в роли субъединицы этого агрегата, имеющего бо-
лее высокий уровень пространственной организации — четвертичную структуру.
Такой белок с четвертичной структурой называется олигомером и он содержит две
Почему
на ри-
сунке 10?
Рис. 10 С.
61. Струк-
тура анта-
монида
Надо
написать
- «на рис.
23 на
цветной
вклейке
представ-
лена...»?