ется искомый ген. Так, для клонирования проинсу-
линового гена следует использовать (3-клетки подже-
лудочной железы, так как именно для них характерно
высокое содержание проинсулиновой мРНК. Сум-
марную клеточную мРНК с помощью центрифугиро-
вания в градиенте сахарозы можно разделить на фрак-
ции, впрочем, довольно сильно перекрывающиеся.
При такой грубой очистке число посторонних моле-
кул мРНК в препарате уменьшается. Затем с молекул
мРНК, попавших в нужный нам диапазон молекуляр-
ных масс (для белка таких размеров, как проинсулин,
длина соответствующей молекулы мРНК составит
примерно 25 000 нуклеотидов, или 25 т.п.н.), снима-
ются ДНК-копии.
Синтез ДНК - копий осуществляется ферментом,
называемым обратной транскриптазой, или реверта-
зой (еще одно его название — РНК-зависимая ДНК-
полимераза), который выделяют обычно из соответ-
ствующих РНК-содержащих вирусов. Чтобы этот
фермент начал работать, требуется короткая (около 10
нуклеотидов) одноцепочечная ДНК-затравка; для
этой цели, как правило, используют oligo(dT). Затра-
вочная ДНК самопроизвольно образует двухцепочеч-
ный комплекс с отрезком poly(dA), который всегда
присутствует на З'-конце молекул эукариотической
мРНК (гл. 22). По завершении стадии копирования
исходную цепь РНК разрушают (деполимеризуют).
Деполимеризацию исходной РНК-цепочки
осуществляют путем щелочного гидролиза. Цепи ДНК
устойчивы к обработке щелочью, а РНК полностью
де-полимеризуется. Получившаяся в результате ДНК
является одноцепочечной (оц), лишь на конце моле-
кулы образуется «шпилька» с небольшой петлей. Та-
кая шпилька образуется потому, что на 5'-конце боль-
шинства мРНК имеется последовательность, одна
половина которой комплементарна другой (палин-
дром) и которая в результате копирования оказывает-
ся и в кДНК. Таким образом, концевой участок цепоч-
ки кДНК, где расположена эта последовательность,
может замыкаться сам на себя с образованием петли и
отрезка двойной спирали.
Двухцепочечную (дц) кДНК получают путем достра-
ивания оц-кДНК до двухцепочечной формы, выпол-
няемого ферментом ДНК-полимеразой I. Для того
чтобы этот фермент функционировал, также в прин-
ципе требуется затравочная ДНК, однако здесь ее
вполне заменяет короткий отрезок двойной спирали,
образуемый шпилькой. На одном из концов такой дц-
кДНК все еще остается одноцепочечная петля; она
удаляется с помощью фермента нуклеазы S1. Этот
фермент разрезает петлю и, кроме того, подравнивает
цепочки ДНК, удаляя всю оставшуюся оц-ДНК. Пос-
ле такой обработки кДНК можно встраивать в вектор.
Вектор - это нечто вроде молекулярного «такси»,
способного переносить чужую ДНК внутрь бактери-
альной клетки таким образом, чтобы она могла там
реплицироваться. Существует два основных типа век-
торов: бактериальные плазмиды и бактериофаги.
Здесь мы рассмотрим только первый тип.
Плазмиды — это встречающиеся в клетках внехромо-
сомные элементы, представляющие собой замкнутые
кольцевые молекулы дц-ДНК (гл. 26). Они способны
реплицироваться независимо от геномной ДНК бакте-
рий. Часто плазмиды содержат гены, белковые продук-
ты которых обеспечивают нечувствительность к тем или
иным антибиотикам. Этим свойством пользуются для
отделения бактерий, содержащих плазмиды («+»-бакте-
рии), от «—»-бактерий, лишенных плазмид. Чтобы
включить кДНК в плазмиду, замкнутое кольцо плазми-
ды надо «разомкнуть». Для этого плазмиды подвергают
воздействию рестриктаз.
Рестриктаза - (гл. 18) разрезает дц-ДНК по
определенным нуклеотидным последовательностям,
называемым участками рестрикции (обычно это
короткие па-линдромные последовательности); разные
рестриктазы узнают разные палиндромы. В плазмидах,
встречающихся в природе, часто бывает много таких
участков для каждой из рестриктаз. Поскольку в
идеальном случае нам нужна одна-единственная точка
разреза, есть смысл в направленном отборе или
«конструировании» плазмид с таким свойством.
Например, в плазмиде pBR322, широко используемой
в качестве вектора, для многих рестриктаз имеется лишь
по одному участку рестрикции; в ней также имеются
гены, обеспечивающие резистентность к ампициллину
и пенициллину; и в ней нет некоторых
«несущественных» генов, имевшихся в ее прототипе.
Оставлены лишь те гены, которые необходимы для
осуществления функций трансформации бактерий и
репликации плазмиды.
Сшивание (лигирование) — процедура, в ходе которой
чужеродная ДНК встраивается между (или сшивается
с) двумя концами плазмидной ДНК с помощью
фермента, называемого ДНК-лигазой. Чтобы эта опе-
рация могла осуществиться, необходимо, чтобы кон-
цы кДНК и плазмидной ДНК были «липкими». Для
этого на концах должны быть оц-последовательности,
способные образовывать комплекс друг с другом через
спаривание оснований и обеспечивающие сцепление
двух пар концов. Так образуется плазмида, которая
называется рекомбинантной. Описываемая ниже про-
цедура, с помощью которой это достигается, называ-
ется методом гомополимерных концов. Существует еще
одна процедура, называемая связыванием по сайтам
рестрикции, но мы ее рассматривать не будем.
Метод гомополимерных концов основан на
присоединении к 3'-концам цепей, образующих дц-
ДНК, коротких отрезков оц-ДНК с регулярной
последовательностью (гомополимерных). Если
каждый подобный гомополимер состоит из
нуклеотидов одного вида и если два таких
гомополимера с взаимно комплементарными
основаниями присоединены соответственно к
плазмиде и к кДНК, то последние, оказавшись рядом,
замкнутся друг на друга с образованием
рекомбинантной плазмиды.