Согласно предлагаемой гипотезе, нативная агрегация — это обратимая
высокоспецифичная агрегация белков, находящаяся под генетическим
контролем (запрограммированная агрегация), в результате которой
формируются временные структуры. Предполагается, что догма
Анфинсена может быть распространена на межбелковые взаимодействия:
состав и аминокислотная последовательность определяют не только
вторичную структуру и другие структурные уровни белка, но и
характер его взаимодействия с другими белками (агрегации,
ассоциации). Функционирование клетки (или отдельной структуры)
рассматривается как повторяющаяся серия переходов между двумя
состояниями, состоянием покоя и активности (модель двух состояний).
В состоянии покоя ключевые белки клетки (или отдельной структуры)
представлены неактивными формами: нативно-развернутыми и
глобулярными белками. При активации, в нативно-развернутых белках
(включая развернутые участки белков) начинают формироваться
временные вторичные структуры (в результате сворачивания
полипептидной цепи), а в глобулярных белках вторичные структуры
становятся доступными для взаимодействия в результате плавления
глобул. Индуцированные вторичные структуры обеспечивают высоко
специфичные внутри- и межбелковые взаимодействия. В результате
такого взаимодействия появляются временные структуры, выполняющие
функции, необходимые для обеспечения функциональной активности.