Диссертация на соискание ученой степени кандидата
физико-математических наук: 01.04.07 - Физика конденсированного
состояния. — Институт физики Казанского (Приволжского) Федерального
Университета. — Казань, 2014. — 149 с.
Научный руководитель: доктор химических наук, профессор Клочков
В.В.
Введение
Методы ЯМР спектроскопии высокого разрешения
Введение
Физические основы ЯМР спектроскопии
Импульсная ЯМР-спектроскопия
Одно- и двумерные ЯМР импульсные последовательности
Остаточное диполь-дипольное взаимодействие
Определение межпротонных расстояний с помощью 2М NOESY
Методы молекулярной динамики при расчете структур молекул
Экспериментальная часть
Объекты исследования
Методы исследования
Мицеллы на основе додецилсульфата натрия, в качестве модели поверхности биологической мембраны
Контроль образования мицелярных систем на основе додецилсульфата натрия в растворе методом ЯМР 1Н спектроскопии
Контроль образования мицелярных систем на основе додецилсульфата натрия в растворе методом двумерной ЯМР NOESY спектроскопии
Пространственная структура олигопептидов
Пространственное строение тетрапептида nAs-Ser-Phe-Val-Gly-Ome в комплексе с мицеллами ДСН
Определение пространственной структуры декапептида VIKKSTALLG
Изучение пространственной структуры фрагментов пептида РАР248-286
Начальный фрагмент РАР248-286 - РАР248-261
Олигопептид РАР266-272
Олигопептид РАР262-270
Концевой фрагмент пептида РАР248-286 - РАР274-284
Основные результаты и выводы
Публикации автора по теме диссертации
Список литературы
Приложение Целью настоящей работы являлось установление пространственного строения олигопептидов в растворе и комплексе с моделью поверхности биологической мембраны. Для достижения этой цели было необходимо выполнение следующих задач:
разработка подхода для мониторинга формирования мицеллярных систем на основе додецилсульфата натрия (ДСН) в растворе;
повышение эффективности метода двумерной спектроскопии ЯМР NOESY к исследованию пространственного строения молекул, подпадающих под условие быстрого движения;
определение геометрических параметров исследуемых олигопептидов (координат атомов) в растворе и в комплексе «пептид-модель поверхности мембраны»;
установление активных сайтов исследуемых олигопептидов PAP. Научная и практическая ценность:
Предложенный подход мониторинга формирования мицеллярных систем на основе додецилсульфата натрия (ДСН) в растворе с помощью двумерной 1H-1H NOESY ЯМР спектроскопии может быть использован при исследовании процессов мицеллообразования на основе подобных поверхностно-активных веществ.
Разработанный и экспериментально обоснованный подход к описанию пространственной структуры олигопептидов на основе
определения межъядерных расстояний (1H-1H NOESY ЯМР спектроскопия) путем перевода исследуемого низкомолекулярного
соединения из разряда малых молекул (условие быстрого движения) в разряд молекул, подпадающих под условие медленного движения, может быть применен при исследовании подобных биоорганических соединений.
Установленные спектральные параметры ЯМР (1H,13C) и измеренные межпротонные расстояния в изученных соединениях могут быть
использованы в качестве справочного материала. Координаты атомов (в pdb формате), входящих в состав изученных пептидов могут
использоваться при сравнении с координатами атомов аналогичных аминокислотных последовательностей (в частном случае фрагментов цепей полипептидов).
Определены активные сайты пептида PAP248-286, которые могут участвовать в связывании вириона вируса ВИЧ с поверхностью
мембраны. Данная информация крайне полезна в поиске лекарственных препаратов, снижающих вероятность заражения ВИЧ, за счет
препятствования комплексообразования вируса ВИЧ и пептида PAP248-286.
Методы ЯМР спектроскопии высокого разрешения
Введение
Физические основы ЯМР спектроскопии
Импульсная ЯМР-спектроскопия
Одно- и двумерные ЯМР импульсные последовательности
Остаточное диполь-дипольное взаимодействие
Определение межпротонных расстояний с помощью 2М NOESY
Методы молекулярной динамики при расчете структур молекул
Экспериментальная часть
Объекты исследования
Методы исследования
Мицеллы на основе додецилсульфата натрия, в качестве модели поверхности биологической мембраны
Контроль образования мицелярных систем на основе додецилсульфата натрия в растворе методом ЯМР 1Н спектроскопии
Контроль образования мицелярных систем на основе додецилсульфата натрия в растворе методом двумерной ЯМР NOESY спектроскопии
Пространственная структура олигопептидов
Пространственное строение тетрапептида nAs-Ser-Phe-Val-Gly-Ome в комплексе с мицеллами ДСН
Определение пространственной структуры декапептида VIKKSTALLG
Изучение пространственной структуры фрагментов пептида РАР248-286
Начальный фрагмент РАР248-286 - РАР248-261
Олигопептид РАР266-272
Олигопептид РАР262-270
Концевой фрагмент пептида РАР248-286 - РАР274-284
Основные результаты и выводы
Публикации автора по теме диссертации
Список литературы
Приложение Целью настоящей работы являлось установление пространственного строения олигопептидов в растворе и комплексе с моделью поверхности биологической мембраны. Для достижения этой цели было необходимо выполнение следующих задач:
разработка подхода для мониторинга формирования мицеллярных систем на основе додецилсульфата натрия (ДСН) в растворе;
повышение эффективности метода двумерной спектроскопии ЯМР NOESY к исследованию пространственного строения молекул, подпадающих под условие быстрого движения;
определение геометрических параметров исследуемых олигопептидов (координат атомов) в растворе и в комплексе «пептид-модель поверхности мембраны»;
установление активных сайтов исследуемых олигопептидов PAP. Научная и практическая ценность:
Предложенный подход мониторинга формирования мицеллярных систем на основе додецилсульфата натрия (ДСН) в растворе с помощью двумерной 1H-1H NOESY ЯМР спектроскопии может быть использован при исследовании процессов мицеллообразования на основе подобных поверхностно-активных веществ.
Разработанный и экспериментально обоснованный подход к описанию пространственной структуры олигопептидов на основе
определения межъядерных расстояний (1H-1H NOESY ЯМР спектроскопия) путем перевода исследуемого низкомолекулярного
соединения из разряда малых молекул (условие быстрого движения) в разряд молекул, подпадающих под условие медленного движения, может быть применен при исследовании подобных биоорганических соединений.
Установленные спектральные параметры ЯМР (1H,13C) и измеренные межпротонные расстояния в изученных соединениях могут быть
использованы в качестве справочного материала. Координаты атомов (в pdb формате), входящих в состав изученных пептидов могут
использоваться при сравнении с координатами атомов аналогичных аминокислотных последовательностей (в частном случае фрагментов цепей полипептидов).
Определены активные сайты пептида PAP248-286, которые могут участвовать в связывании вириона вируса ВИЧ с поверхностью
мембраны. Данная информация крайне полезна в поиске лекарственных препаратов, снижающих вероятность заражения ВИЧ, за счет
препятствования комплексообразования вируса ВИЧ и пептида PAP248-286.