ñîêðàòèëñÿ, îí èñ÷åç â äîëèíå ðåêè Êàøêàäàðüÿ.  Çàðàôøàíñêîì çàïîâåäíèêå ÷èñëåííîñòü ïîïóëÿöèè
ýòîé ïòèöû ñîñòàâëÿåò îêîëî 2000 îñîáåé. Ñðåäè ãíåçäÿùèõñÿ ïòèö íàèáîëåå òèïè÷íû ìàëàÿ ïîãàíêà
Tachybaptus ruficollis, òþâèê Accipiter badius, îáûêíîâåííàÿ ïóñòåëüãà Falco tinnunculus, êàìûøíèöà
Gallinula chloropus, ìàëûé çóåê Charadrius dubius, ðå÷íàÿ êðà÷êà Sterna hirundo, âÿõèðü Columba palumbus,
îáûêíîâåííàÿ ãîðëèöà Streptopelia turtur, óøàñòàÿ ñîâà Asio otus, ñïëþøêà Otus scops, ñèçîâîðîíêà
Coracias garullus, îáûêíîâåííûé óäîä Upupa epops, ëàñòî÷êà-áåðåãîâóøêà Riparia riparia, èâîëãà Oriolus
oriolus, þæíûé ñîëîâåé Luscinia megarhynchos, ðåìåç Remiz coronatus è äð. Êâàêâà Nycticorax nycticorax
ïðèëåòàåò â çàïîâåäíèê â êîíöå ìàðòà - íà÷àëå àïðåëÿ. Äî íåäàâíåãî âðåìåíè ýòà ïòèöà ãíåçäèëàñü ïî âñåìó
ñðåäíåìó òå÷åíèþ Çàðàôøàíà, ñåé÷àñ êîëîíèÿ åå ñîõðàíèëàñü ëèøü íà òåððèòîðèè Çàðàôøàíñêîãî
çàïîâåäíèêà.  ñðåäíåì òå÷åíèè Çàðàôøàíà âñòðå÷àþòñÿ íåáîëüøèå îáðûâû. Ìíîãèå
ïåðåëåòíî-ãíåçäÿùèåñÿ è îñåäëûå ïòèöû (ñèçîâîðîíêà, ñèçûé ãîëóáü, ãàëêà Coloeus monedula, ìàéíà,
ëàñòî÷êà-áåðåãîâóøêà è äð.) ñòðîÿò â íèõ ñâîè ãíåçäà. Íà îñåííåì è âåñåííåì ïðîëåòàõ âñòðå÷àþòñÿ
áîëüøîé áàêëàí Phalacrocorax carbo, ìàëûé áàêëàí Phalacrocorax pygmaeus, ÷åðíûé àèñò Ciconia nigra,
ñåðûé ãóñü Anser anser, ÷èðîê-òðåñêóíîê Anas querquedula, øèðîêîíîñêà Anas clypeata, êðàñíîíîñûé íûðîê
Netta rufina, õîõëàòàÿ ÷åðíåòü Aythya fuligula, ëóòîê Mergus albellus, ñêîïà Pandion haliaetus, ÷åðíûé
êîðøóí Milvus migrans, çìååÿä Ñircaetus gallicus, îðåë-ìîãèëüíèê Aquila heliaca, îðëàí-áåëîõâîñò
Haliaeetus albicilla, ñàïñàí Falco peregrinus, ñåðûé æóðàâëü Grus grus, êðàñàâêà Anthropoides virgo, àâäîòêà
Burhinus oedicnemus, õîäóëî÷íèê Himantopus himantopus, ÷åãðàâà Hydroprogne caspia, áîëüøàÿ ãîðëèöà
Streptopelia orientalis, òðÿñîãóçêè (Motacilla citreola, Motacilla cinerea, Motacilla alba, Motacilla personata),
÷åðíîãîëîâûé ÷åêàí Saxicola torquata, îáûêíîâåííàÿ ÷å÷åâèöà Carpodacus erythrinus è äð.
 çàïîâåäíèêå çèìóþò ìàëàÿ ïîãàíêà Tachybaptus ruficollis, áîëüøàÿ áåëàÿ öàïëÿ Egretta alba, ñåðàÿ
öàïëÿ Ardea cinerea, êðÿêâà Anas platyrhynchos, ÷èðîê-ñâèñòóíîê Anas crecca, ëóíè (Circus cyaneus, Circus
macrourus, Circus pygargus, Circus aeruginosus), òåòåðåâÿòíèê Accipiter gentiles, ïåðåïåëÿòíèê Accipiter
nisus, çèìíÿê Buteo lagopus, îáûêíîâåííûé êàíþê Buteo buteo, ëûñóõà Fulica atra, áåêàñ Gallinago
gallinago, âàëüäøíåï Scolopax rusticola, óøàñòàÿ ñîâà Asio otus, ñåðàÿ âîðîíà Corvus cornix, êðàïèâíèê
Troglodytes troglodytes, êðàñíîñïèííàÿ ãîðèõâîñòêà Phoenicurus erythronotus, çàðÿíêà Erithacus rubecula,
òåìíîçîáûé äðîçä Turdus atrogularis, ÷åðíûé äðîçä Turdus merula, æåëòîãðóäûé êíÿçåê Parus flavipectus,
çÿáëèê Fringilla coelebes, îáûêíîâåííàÿ îâñÿíêà Emberiza citrinella è äð. Íà òåððèòîðèþ çàïîâåäíèêà
òàêæå çàëåòàþò òàêèå âèäû, êàê ñòåðâÿòíèê Neophron percnopterus, ÷åðíûé ãðèô Aegypius monachus,
áåëîãîëîâûé ñèï Gyps fulvus, ôèëèí Bubo bubo, áåëîáðþõèé ñòðèæ Apus melba, âîðîí Corvus corax. Â
Êðàñíóþ êíèãó Óçáåêèñòàíà (2003) çàíåñåíû 26 âèäîâ ïòèö.
Ìëåêîïèòàþùèå. Íà òåððèòîðèè çàïîâåäíèêà çàðåãèñòðèðîâàíî 24 âèäà ìëåêîïèòàþùèõ. Ñðåäè
íèõ ìíîãî÷èñëåííû ãðûçóíû - äîìîâàÿ ìûøü Mus musculus, òàìàðèñêîâàÿ ïåñ÷àíêà Meriones tamariscinus,
âîñòî÷íàÿ ñëåïóøîíêà Ellobius talpinus. Îáû÷íûå âèäû: óøàñòûé åæ Hemiechinus auritus, çàÿö òîëàé Lepus
capensis, òóðêåñòàíñêàÿ êðûñà Rattus turkistanicus, øàêàë Canis aureus, ëèñèöà Vulpes vulpes. Áîëåå ðåäêî
âñòðå÷àþùèåñÿ âèäû: ìàëàÿ áåëîçóáêà Crocidura suaveolens, äèêîáðàç Hystrix indica, áàðñóê Meles meles,
ñòåïíàÿ êîøêà Felis libyca. Ñïîðàäè÷íî ðàñïðîñòðàíåí æåëòûé ñóñëèê Spermophilus fulvus, êîòîðûé
âñòðå÷àåòñÿ â îñíîâíîì ïî îáî÷èíàì äîðîã â çàáðîøåííûõ ñàäàõ. Ïî áåðåãàì áîëüøèíñòâà âîäîåìîâ æèâåò
èíòðîäóöèðîâàííàÿ è øèðîêî ðàñïðîñòðàíèâøàÿñÿ ïî Ñðåäíåé Àçèè îíäàòðà Ondatra zibethica. Èç
ðóêîêðûëûõ íà òåððèòîðèè çàïîâåäíèêà îòìå÷åíû ðûæàÿ âå÷åðíèöà Nyctalus noctula è íåòîïûðü-êàðëèê
Pipistrellus pipistrellus.  íîÿáðå 2005 ãîäà îòìå÷åíî ïîÿâëåíèå êàáàíà, âèäèìî, ïåðåêî÷åâàâøåãî â
çàïîâåäíèê ñ Çàðàôøàíñêîãî õðåáòà ñ òåððèòîðèè, ïðèãðàíè÷íîé ñ Òàäæèêèñòàíîì. Ñ 1996 ãîäà â
çàïîâåäíèêå âåäåòñÿ ðàáîòà ïî ïðîãðàììå “Âîññòàíîâëåíèå è ñîõðàíåíèå ÷èñëåííîñòè áóõàðñêîãî îëåíÿ”,
ôèíàíñèðîâàâøàÿñÿ Ôðàíöóçñêèì íàöèîíàëüíûì öåíòðîì íàó÷íûõ èññëåäîâàíèé (CNRS), ôîíäàìè
INTAS, ÌàêÀðòóðà, Åâðîïåéñêîé èíèöèàòèâîé ïî êðóïíûì òðàâîÿäíûì (LHI), Âñåìèðíûì ôîíäîì äèêîé
ïðèðîäû (WWF). Â ðàìêàõ ýòîé ïðîãðàììû â çàïîâåäíèêå ñîçäàíà âîëüåðíàÿ ãðóïïà áóõàðñêèõ îëåíåé, â
àâãóñòå 2005 ãîäà îñóùåñòâëåíà ðåèíòðîäóêöèÿ 5 îñîáåé â òóãàéíûé ëåñ ñ öåëüþ ñîçäàíèÿ åñòåñòâåííîé
ïîïóëÿöèè ýòèõ æèâîòíûõ íà òåððèòîðèè Çàðàôøàíñêîãî çàïîâåäíèêà.
Èñòîðèÿ áèîëîãè÷åñêèõ èññëåäîâàíèé. Ñïèñîê íàó÷íûõ òåì, ðàçðàáàòûâàâøèõñÿ â Çàðàôøàíñêîì
çàïîâåäíèêå (Ç.ã.ç.) ñ 1976 ïî 2005 ãã.:
1976-1979 Ïðåäâàðèòåëüíûå èññëåäîâàíèÿ ôëîðû è ðàñòèòåëüíîñòè, Ç.ã.ç, èñïîëíèòåëü Ñàâêèí Â.À.
1978-1981 Âëèÿíèå îòäåëåíèÿ âåòîê íà êóñòàõ îáëåïèõè íà èõ âîññòàíîâëåíèå è ïëîäîíîøåíèå,
Ñàâêèí Â.À. (ðóê. Ìóõàìàäèåâ Ø.Ì. );
1978-1981 Èññëåäîâàíèå ôàóíû, Ç.ã.ç. Áàãäàñàðîâà Â.À. (ðóê. Ìåêëåíáóðöåâ Ð.Í.);
1979-1982 Âðåäèòåëè îáëåïèõè è èçûñêàíèå áèîëîãè÷åñêèõ ìåð áîðüáû ñ íèìè, Áàãäàñàðîâà Â.À.,
Êèì Å.Í.;
1981-1985 Êàðòèðîâàíèå ôëîðû çàïîâåäíèêà, Ñàâêèí Â.À. (ðóê. Ãàíèåâ Ø.Ã.);
1981-1985 Ýêîëîãèÿ Çàðàôøàíñêîãî ôàçàíà è ìåòîäû åãî îõðàíû, Áàãäàñàðîâà Â.À. (ðóê. Çàâ. îòä.
ÖÍÈË Ãëàâîõîòû ÐÑÔÑÐ Ãàáóçîâ Î.Ñ. );
1981-1985 Âëèÿíèå àãðîõèìèêàòîâ íà ìèêðîôëîðó ïî÷âû â ñèñòåìå õëîïêîâîãî, ëþöåðíîâîãî
ñåâîîáîðîòà, Ñàâêèí Â.À., Ìóõàìàäèåâ Ø.Ì., Áàãäàñàðîâà Â.À.;
1981-1988 Áèîëîãèÿ çàðàôøàíñêîãî ôàçàíà è ìåòîäû åãî ñîõðàíåíèÿ , Áàãäàñàðîâà Â.À.;
1985-1990 Êðóïíîìàñøòàáíîå ãåîáîòàíè÷åñêîå êàðòèðîâàíèå, Ç.ç. Êàáóëîâ À.Ä.;
1986-1990 Ôàóíà è ýêîëîãèÿ ìëåêîïèòàþùèõ Ç.ç è ìåðû èõ îõðàíû, Íåôåäîâà Í.ß.;
1988-1991 Èíâåíòàðèçàöèÿ ôàóíû ìëåêîïèòàþùèõ Ç.ã.ç. è ýêîëîãè÷åñêèå îñîáåííîñòè ôîíîâûõ
âèäîâ, Íåôåäîâà Í.ß.;
1981-1982 Ïàòîãåííàÿ ìèêðîôëîðà, Ñêîðèêîâà È.Ã.(ðóê. Ìóñèíîâà Î.Á.);
1988- Èñêóññòâåííîå ðàçâåäåíèå çàðàôøàíñêîãî ôàçàíà, Íàáèåâà À.Ø., Îìàðîâ È.Î. (ðóê.
Áàãäàñàðîâà Â.À.);
1988 Áèîëîãèÿ è ýêîëîãèÿ òóðêåñòàíñêîé êðûñû â óñëîâèÿõ, Ç.ã.ç. Ìàìîíòîâà Å.Â. , Âðåäèòåëè èâû è
èõ ýíòîìîôàãè, Õîäæàåâ À.(ðóê. Àáäóëëàåâ Í.);
1996-2005 Àäàïòàöèÿ áóõàðñêîãî îëåíÿ ê óñëîâèÿì, Ç.ã.ç. Ìàðìàçèíñêàÿ Í. Â. (ðóê. Ïåðåëàäîâà
Î.Á.);
2000- Èçó÷åíèå ýêîëîãèè çàðàôøàíñêîãî ôàçàíà â åñòåñòâåííûõ óñëîâèÿõ Çàðàôøàíñêîãî
çàïîâåäíèêà, Áåëÿëîâà Ë. Ý. (ðóê. Ôóíäóê÷èåâ Ñ.Ý.);
350