Реальная угроза хорватским и венгерским землям, а также возможное продвижение османов в глубь
австрийских владений вынудило Фердинанда перейти к реальной помощи Хорватии. В первой половине
ХVI в. Габсбурги организовали специальные территориальные единицы «капетании» две в Хорватии и три в
Славонии. С середины ХVI в. капетании в междуречье Савы и Дравы стали называться Славонской
границей, а от Савы до моря — Хорватской. Таким образом, эти административно-территориальные
единицы подчинялись непосредственно австрийским властям и отделяли владения Габсбургов от Османской
империи. Хорвато-Славонская Крайна, или Военная Граница, не представляла собой компактной,
обособленной территории. В распоряжении капетанов (командиров) находились лишь крепости, где были
размещены военные гарнизоны. Земля, расположенная вокруг этих крепостей, принадлежала хорватским
феодалам. Наемные войска в Военной Границе содержались главным образом на средства, собранные в
соседних землях (Штирии, Крайне, и Каринтии), которые были особенно заинтересованы в создании
защитной полосы вблизи своей восточной границы. Однако средств не хватало, жалование наемным
солдатам выплачивалось нерегулярно. В середине ХVI в. в Военной Границе появилась такая категория
войск, как военные поселенцы, беженцы из находившихся под властью Турции Сербии, Боснии и восточной
части Хорватии. Их иногда называли ускоками, а в более поздний период, в ХVII—ХIХ вв., всех поселенцев
стали называть граничарами. В отличие от наемных солдат, для большинства военных поселенцев основным
источником средств существования было не жалование, а собственное хозяйство.
Военная помощь, которую оказывали Габсбурги, была явно недостаточной, хотя благодаря Военной
Границе в ХVI в. продвижение турок было замедлено. Так, австро-турецкая война 1593—1606 гг. началась
для турок крупным поражением у крепости Сисак, хорваты наголову разбили их 10-тысячный отряд. Это
была первая значительная победа хорватов над турками, положившая начало освобождению хорватских
земель от турецкой агрессии. Известная в истории как «Долгая война», она завершилась австро-турецким
договором, который одновременно закрепил территориальные приобретения Габсбургов в Хорватии.
После 1606 г. Военная Граница была выделена в особую территорию, административно не связанную
с «гражданской Хорватией», которая полностью исключалась из сферы влияния бана и сабора. К этому же
периоду относятся первые попытки Габсбургов централизовать управление подвластных им земель,
которые существенно отличались как в экономическом плане, так и по своему внутреннему устройству.
Политика Габсбургов была направлена на ущемление сословных привилегий хорватской знати.
Вопреки обещаниям сохранять ее прежние права и привилегии Фердинанд начал постепенно их урезать.
Особенно явно этот процесс происходил в период правления императора Рудольфа II (1576—1612). В
условиях борьбы с турками особо важное значение имело создание сильной армии с единым центром
военного управления. В 1578 г. он передал верховное командование войсками в Хорвато-Славонской
Крайне своему наместнику эрцгерцогу Карлу. В непосредственном ведении бана оставались лишь военные
силы так называемой Банской Крайны. Венское правительство мечтало о превращении Венгрии и Хорватии
в обычные провинции империи, подобные наследственным землям.
Абсолютистские и централизаторские тенденции Габсбургов заставили венгерское и хорватское
дворянство задуматься о своей политической самостоятельности, что в итоге привело к антигабсбургскому
заговору. Заговорщики составили план отделения венгерских и хорватских земель от габсбургской
монархии и восстановления в них прежних «свобод» местной знати. Свою идею воссоздания венгеро-
хорватского государства они связывали с помощью других государств. В Хорватии во главе оппозиции
находились бан Никола Зринский и его брат Петр (позднее присоединился Франкопан). Они обратились за
поддержкой к Франции, Польше, Венеции, наконец, отправили посланца в Турцию. Однако все их усилия
были напрасны, заговор был раскрыт, Петр и Франкопан были казнены. Их громадные земельные владения,
составлявшие около половины Банской Хорватии, стали собственностью Австрийского государства.
Экономике Хорватии был нанесен удар, от которого она долго не могла оправиться, а власть Габсбургов в
хорватских землях еще больше укрепилась.