ПолесГУ,экзамен, 60 вопросов
1. История развития геномных исследований. Геномная революция 1990-х. Вклад К. Вентера в развитие геномных исследований.
2. Методы изучения геномов. Современные подходы к секвенированию ДНК, их достоинства и недостатки.
3. Секвенирование с помощью метода Сэнгера.
4. Секвенирование методом Максама-Гилберта
5. Автоматическое секвенирование. Виды и марки секвенаторов.
6. Пиросеквенирование.
7. Бисульфитное секвенирование.
8. Мультиплексное секвенирование ДНК.
9. Мультиплексное секвенирование ДНК.
10. Секвенирование с помощью нанопор.
11. Современные подходы к картированию геномов. Анализ полиморфизма длины рестрикционных фрагментов (ПДРФ-анализ).
12. Анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (ПДРФ) геномной ДГК с помощью блоттинга по Саузерну.
13. Использование ПДРФ-анализа в популяционной генетике, биогеографических и филогенетических исследованиях.
14. Полимеразная цепная реакция. Разновидности ПЦР. Применение ПЦР. Приборная база для ПЦР.
15. Основные методики физического, генетического и цитологического картирования.
16. Контиг-карты хромосом человека на основе перекрыващихся клонов геномной ДНК человека.
17. Картирование методом дробовика (ShotGun) и картирование с использованием случайных STS.
18. Рестрикционное картирование генома человека с использованием рестриктазы NotI.
19. Генетическое картирование. Цитогенетическое картирование.
20. Функциональная геномика и протеомика.
21. Молекулярные базы данных GeneBank, EMBL, DDJP, Swiss-Prot, PIR, Protein Data Bank. Специализация, структура и методы поиска в них информации.
22. Геномные библиотеки, создание геномных библиотек.
23. Вирусы. Строение, жизненный цикл вируса.
24. Геном вирусов.Наследственный материал вирусов. Классификация вирусов в зависимости от природы вирусного генетического аппарата.
25. Размножение вирусов, обладающих двухцепочечной геномной ДНК.
26. Размножение вирусов, обладающих одноцепочечной геномной ДНК.
27. Цикл размножения вирусов, обладающих двухцепочечной геномной РНК.
28. Размножение вирусов, обладающих геномной одноцепочечной (+)РНК (пикорнавирусы).
29. Размножение вирусов, обладающих геномной одноцепочечной (-)РНК.
30. Цикл репродукции вирусов группы VI Балтимора, группы VII Балтимора.
31. Прокариоты как объект молекулярно-генетических исследований.
32. Структурная геномика прокариот.
33. Организация генома прокариот: размеры, нуклеотидный состав, оперонная организация, особенности репликации, выявление ORF, интроны и интеины.
34. Организация генома Escherichia coli.
35. Сравнение геномов про- и эукариот. Минимальный размер генома прокариот.
36. Геномы прокариот в процессе функционирования и эволюции. Консервативная и оперативная части генома.
37. Горизонтальный перенос генов и пластичность прокариотических геномов.
38. Сравнение организации геномов энтеробактерий (Escherichia coli, Salmonella typhimurium, Yersinia pestis).
39. Эволюция высоковирулентных штаммов патогенов. Организация генома Haemophilus influenzae (возбудитель менингита, пневмонии).
40. Характерные особенности геномов, обеспечивающие адаптацию к специфическим экологическим нишам. Геном Deinococcus radiodurans.Геном Neisseria gonorrhoeae. Геном Aquifex aeolicu.
41. Генетика и эволюция Mycobacterium tuberculosis.
42. Геном и эволюционное развитие Mycoplasma.
43. Геномы эукариот. Размеры генома про- и эукариот.
44. Компактность эукариотического генома. Четыре уровня компактизации ДНК.
45. Геномы простейших одноклеточных эукариот. Геном Saccharomyces cerevisiae. Геном Schizosaccharomyces pombe. Сходство и отличия от геномов прокариот.
46. Геномы беспозвоночных. Геном Caenorhabditis elegans. Геном Drosophyla melanogaster. Геном Ciona intestinalis. Особенности геномов многоклеточных организмов.
47. Сравнение организации геномов позвоночных. Геном Mus musculus. Геном Homo sapiens. Геном Pan troglodites.
48. Проект по расшифровке генома человека.
49. Особенности исследований геномов высших растений. Геном Arabidopsis thaliana. Геном Oryza sativa. Геном Populus trichocarpa.
50. Причины наиболее существенных отличий геномов растений от геномов животных.
51. Эволюция геномов. Механизмы геномных перестроек, увеличения и уменьшения размеров геномов. Ортологи и паралоги. Псевдогены.
52. Повторяющиеся последовательности в геномах прокариот. Классификация повторов.
53. Повторяющиеся последовательности геномной ДНК эукариот.
54. Мобильные генетические элементы плазмид, бактерий и эукариот. Общая характеристика и роль в геномной изменчивости.
55. Молекулярные механизмы транспозиции: консервативная и репликативная транспозиция, транспозиция двух классов ретротранспозонов.
56. Транспозоны бактерий (Tn3, Tn5, Mu).
57. Транспозоны дрожжей (Ty).
58. Транспозоны дрозофилы (P и copia).
59. Транспозоны кукурузы (элементы Ac и Ds).
60. Транспозоны человека (LINE и SINE).
1. История развития геномных исследований. Геномная революция 1990-х. Вклад К. Вентера в развитие геномных исследований.
2. Методы изучения геномов. Современные подходы к секвенированию ДНК, их достоинства и недостатки.
3. Секвенирование с помощью метода Сэнгера.
4. Секвенирование методом Максама-Гилберта
5. Автоматическое секвенирование. Виды и марки секвенаторов.
6. Пиросеквенирование.
7. Бисульфитное секвенирование.
8. Мультиплексное секвенирование ДНК.
9. Мультиплексное секвенирование ДНК.
10. Секвенирование с помощью нанопор.
11. Современные подходы к картированию геномов. Анализ полиморфизма длины рестрикционных фрагментов (ПДРФ-анализ).
12. Анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (ПДРФ) геномной ДГК с помощью блоттинга по Саузерну.
13. Использование ПДРФ-анализа в популяционной генетике, биогеографических и филогенетических исследованиях.
14. Полимеразная цепная реакция. Разновидности ПЦР. Применение ПЦР. Приборная база для ПЦР.
15. Основные методики физического, генетического и цитологического картирования.
16. Контиг-карты хромосом человека на основе перекрыващихся клонов геномной ДНК человека.
17. Картирование методом дробовика (ShotGun) и картирование с использованием случайных STS.
18. Рестрикционное картирование генома человека с использованием рестриктазы NotI.
19. Генетическое картирование. Цитогенетическое картирование.
20. Функциональная геномика и протеомика.
21. Молекулярные базы данных GeneBank, EMBL, DDJP, Swiss-Prot, PIR, Protein Data Bank. Специализация, структура и методы поиска в них информации.
22. Геномные библиотеки, создание геномных библиотек.
23. Вирусы. Строение, жизненный цикл вируса.
24. Геном вирусов.Наследственный материал вирусов. Классификация вирусов в зависимости от природы вирусного генетического аппарата.
25. Размножение вирусов, обладающих двухцепочечной геномной ДНК.
26. Размножение вирусов, обладающих одноцепочечной геномной ДНК.
27. Цикл размножения вирусов, обладающих двухцепочечной геномной РНК.
28. Размножение вирусов, обладающих геномной одноцепочечной (+)РНК (пикорнавирусы).
29. Размножение вирусов, обладающих геномной одноцепочечной (-)РНК.
30. Цикл репродукции вирусов группы VI Балтимора, группы VII Балтимора.
31. Прокариоты как объект молекулярно-генетических исследований.
32. Структурная геномика прокариот.
33. Организация генома прокариот: размеры, нуклеотидный состав, оперонная организация, особенности репликации, выявление ORF, интроны и интеины.
34. Организация генома Escherichia coli.
35. Сравнение геномов про- и эукариот. Минимальный размер генома прокариот.
36. Геномы прокариот в процессе функционирования и эволюции. Консервативная и оперативная части генома.
37. Горизонтальный перенос генов и пластичность прокариотических геномов.
38. Сравнение организации геномов энтеробактерий (Escherichia coli, Salmonella typhimurium, Yersinia pestis).
39. Эволюция высоковирулентных штаммов патогенов. Организация генома Haemophilus influenzae (возбудитель менингита, пневмонии).
40. Характерные особенности геномов, обеспечивающие адаптацию к специфическим экологическим нишам. Геном Deinococcus radiodurans.Геном Neisseria gonorrhoeae. Геном Aquifex aeolicu.
41. Генетика и эволюция Mycobacterium tuberculosis.
42. Геном и эволюционное развитие Mycoplasma.
43. Геномы эукариот. Размеры генома про- и эукариот.
44. Компактность эукариотического генома. Четыре уровня компактизации ДНК.
45. Геномы простейших одноклеточных эукариот. Геном Saccharomyces cerevisiae. Геном Schizosaccharomyces pombe. Сходство и отличия от геномов прокариот.
46. Геномы беспозвоночных. Геном Caenorhabditis elegans. Геном Drosophyla melanogaster. Геном Ciona intestinalis. Особенности геномов многоклеточных организмов.
47. Сравнение организации геномов позвоночных. Геном Mus musculus. Геном Homo sapiens. Геном Pan troglodites.
48. Проект по расшифровке генома человека.
49. Особенности исследований геномов высших растений. Геном Arabidopsis thaliana. Геном Oryza sativa. Геном Populus trichocarpa.
50. Причины наиболее существенных отличий геномов растений от геномов животных.
51. Эволюция геномов. Механизмы геномных перестроек, увеличения и уменьшения размеров геномов. Ортологи и паралоги. Псевдогены.
52. Повторяющиеся последовательности в геномах прокариот. Классификация повторов.
53. Повторяющиеся последовательности геномной ДНК эукариот.
54. Мобильные генетические элементы плазмид, бактерий и эукариот. Общая характеристика и роль в геномной изменчивости.
55. Молекулярные механизмы транспозиции: консервативная и репликативная транспозиция, транспозиция двух классов ретротранспозонов.
56. Транспозоны бактерий (Tn3, Tn5, Mu).
57. Транспозоны дрожжей (Ty).
58. Транспозоны дрозофилы (P и copia).
59. Транспозоны кукурузы (элементы Ac и Ds).
60. Транспозоны человека (LINE и SINE).